Между тем, Сторм Шэдоу (Ли Бён Хон) и Файрфлай (Рэй Стивенсон) освобождают из германской тюрьмы Командира Кобры (Люк Брейси). Во время операции Сторм Шэдоу получает травму и после отправляется в гималайский храм, чтобы восстановиться. Узнав, что он жив, Слепой Мастер (RZA), лидер клана Арашикадзе, отправляет Снейк Айз (Рэй Парк) и его ученицу Джинкс (Элоди Юнг), двоюродную сестру Сторм Шэдоу, для захвата последнего, чтобы он ответил за убийство своего дяди, Жестокого Мастера.

Роудблок, Флинт и Леди Джей возвращаются в Соединенные Штаты, где создают базу в полуразрушенном спортзале. Тем временем Зартан объявляет, что Кобра заменит G.I.Joe в качестве основного защитного блока Америки, и Леди Джей замечает, что кто-то выдает себя за президента. Роудблок приводит их к генералу Джозефу Колтону (Брюс Уиллис), который предоставляет им оружие и помогает совершить операцию, во время которой Леди Джей крадет образец ДНК «Президента» и подтверждает, что он – Зартан. Они убегают после небольшой схватки с Файрфлаем и Зандаром (Мэтт Джералд)-главой президентской охраны и членом Кобры.

Снейк Айз и Джинкс находят и захватывают Сторм Шэдоу после боя с ниндзя и отвозят его обратно в Японию, где он говорит, что Зартан убил Жестокого Мастера, и он присоединился к Кобре, чтобы отомстить своему дяде, озлобленный, что клан не верит в его невиновность. Затем Сторм Шэдоу сопровождает Снейк Айз и Джинкс, оказывая помощь G.I.Joe, чтобы остановить Кобру.