1999 год. Тони Старк на новогодней вечеринке знакомится с Майей Хансен — изобретательницей «Экстремиса» (нестабильной технологии по регенерации тканей). Учёный-инвалид Олдрич Киллиан приглашает обоих в свою компанию А.И.M. (Агентство Инновационной Механики). Старк назначает ему встречу на крыше, но вместо этого проводит ночь с Майей. За обман Киллиан проникается ненавистью к миллиардеру.

После того, как Доминик и Брайан в Рио ограбили вора в законе, попутно свергли его империю, их команда получила 100 миллионов долларов. Наши герои оказались разбросаны по всему миру. Но невозможность вернуться домой и накрепко засевшая привычка постоянно жить в бегах сделала их жизнь неполноценной.

Зартан (Арнольд Вослу), все еще выдающий себя за президента Соединенных Штатов (Джонатан Прайс), обвиняет G.I.Joe в краже ядерных боеголовок из Пакистана. Под предлогом очередной миссии всю команду отправляют на отдаленный полигон, где они успешно выполняют задание и остаются там на ночевку. Но ночью базу взрывают, обстреливая её ракетами с вертолётов. Почти все члены команды, включая Дьюка (Ченнинг Татум), погибают. В живых остаются только трое: Роудблок (Дуэйн Джонсон), Флинт (Ди Джей Котрона) и Леди Джей (Эдрианн Палики).